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从日本用手机给国内打电话，主要可以通过以下几种方式。
1、直接拨号：如果是用中国的手机，可以直接拨打中国的手机号码，不需要加任何前缀，如果是用日本的手机或座机，则需要加中国的国家区号，中国的国家区号是+86，要打给的手机号码是13XXXXXXXXX，那么在日本打时，需要输入+8613XXXXXXXXX，某些手机可能需要开启国际长途功能才能直接拨号。
2、使用电话卡：可以在日本的便利店或网络上购买国际电话卡，按照卡上的说明进行拨号，这种方式需要支付额外的费用。
3、使用网络电话软件：例如微信、QQ等，这些软件可以在手机上安装并使用，通过Wi-Fi或数据网络进行通话或发送消息，这种方式的好处是无需支付额外的电话费，但需要确保双方都有相应的应用程序并连接到网络，这些应用程序可能需要实名认证。
4、使用运营商的国际电话服务：日本的各大运营商如NTT、KDDI等，都提供国际电话服务，可以联系运营商开通国际电话服务，然后按照运营商提供的指南进行拨号，这种方式可能需要支付额外的费用，但通常比直接在日本用手机拨打国内电话便宜。
无论使用哪种方式，都需要确保有足够的余额或信用来支付电话费用，同时请注意，国际长途电话费用相对较高，建议在必要时才进行通话，以上内容仅供参考，建议咨询运营商了解具体细节和费用情况。